30 мая 2011 года решением Священного Синода в пределах Ханты-Мансийского автономного округа с выделением её из состава Тобольско-Тюменской епархии была образована Ханты-Мансийская епархия.
12 июня, в День России, совпавшего в 2011 году с днём Святой Троицы, в Свято-Троицкой Сергиевой лавре состоялось рукоположение архимандрита Павла Патриархом Московским и Всея Руси Кириллом в сан епископа новообразованной Ханты-Мансийской епархии.
В ноябре 2012 года епархия обрела своего небесного покровителя- Святителя Нектария, архиепископа Сибирского и Тобольского, святые мощи которого доставлены в Югру из Нило-Столобенской пустыни. 5 ноября в епархии- день прославления Сибирского святого, вернувшегося на прославленную его молитвенным трудом землю.
Сегодня на территории Югры расположены 9 объектов религиозного назначения, признанных памятниками истории и культуры. За последние годы были восстановлены и отреставрированы Храм Покрова Божией Матери 1815 года в городе Ханты-Мансийске, Храм в честь Рождества Пресвятой Богородицы 1786 года в Березово, Церковь в честь святого великомученника и целителя Пантелеимона 1894 года в селе Тундрино Сургутского района и Храм в честь Успения Пресвятой Богородицы 1873 года в селе Селиярово Ханты-Мансийского района.
В сентябре 2013 года и в сентябре 2018 года Ханты-Мансийскую епархию посетил Святейший Патриарх Московский и Всея Руси Кирилл.
По состоянию на апрель 2019 года число храмов, молитвенных домов, молитвенных комнат, часовен в епархии - 161.
Количество клириков — 125
